Le tournage s'est déroulé entre décembre 2019 et janvier 2020, à Tokyo.
Commentaire de Hideo Yamamoto : "Si vous épluchez un oignon appelé "corps humain", quelle sera la forme de son âme ? Je me souviens avoir écrit et dessiné Homunculus en ayant cette réflexion en tête. Depuis, 10 années se sont écoulées... Et je suis très heureux que vous découvriez ceci sous forme de film ! De plus, je trouve que Gô Ayano correspond tout à fait à l'image de cette âme... Mettez m'en plein la vue !"
Commentaire de Gô Ayano "Dans Homunculus, tout était nouveau, que ce soit la vision du monde, le mode de vie du personnage, ses expressions... J'ai rencontré le monde des mangas pour la première fois avec l’œuvre de Hideo Yamamoto, et j'y ai trouvé des émotions que je n'avais jamais ressenties auparavant."
Commentaire de Takashi Shimizu : "Ce qui m'a attiré dans Homunculus, c'est que l’œuvre visualise et dépeint la psychologie humaine. Petit à petit, pendant le tournage, en côtoyant M. Ayano et les autres membre de l'équipe, j'ai pu voir mon propre "Homunculus". La "fragilité des gens" et le "sens de la distance" sont universels et dans toutes les cultures. Dans le film, vous pourrez observer les croisement entre ces valeurs humaines. Et j'espère que vous pourrez les partager."