D’apparence froide et distante, Yuki Nagato habite seule dans un appartement complètement vide. Sans cesse plongée dans ses lectures, elle semble indifférente à ce qui se passe autour d’elle et ne pas éprouver de sentiments. Pourtant, elle n’hésitera pas à défendre Kyon et à combattre au péril de sa vie afin de le sauver. Suite à cet épisode, Kyon et Yuki se rapprochent et Kyon lui fait découvrir ce qu’est une bibliothèque, à elle qui aime tant lire. Elle entre également dans la Brigade SOS de façon involontaire. Dernière membre du club de lecture tombé en désuétude, Yuki ne montre aucune résistance lorsque Haruhi réquisitionne la salle pour son propre club et est intégrée d’office au sein de la Brigade SOS.