Tutrice de Nagate, Kobayashi est en réalité l'amirale du Sidonia, et mène le conseil des Immortels. A ce titre, elle poste un masque cachant son visage auprès des habitants de Sidonia, mais elle s'amuse souvent à se glisser dans la population, officiant par exemple comme infirmière à l'Académie. Menant les assauts des escadrilles de pilotes, elle peut parfois se montrer très dure mais doit prendre de graves décisions. Il y a plusieurs siècles de cela, Kobayashi se battait aux côtés de Hiroki Saito, ce qui explique son affection pour le jeune Nagate...
