Le protagoniste du Secret de Madoka est un enfant qui a grandi dans un environnement qui ne laisse aucune place au jugement. Parce que sa famille l'a toujours mis au contact de peluches et jouets mignons tandis que sa grande sœur lui confectionnait des robes et autres adorables tenues, l'enfant a toujours naturellement porté ce qui lui plaisait, peu importe l'attribution de genre que l'on confère aux objets et vêtement. Seulement, quand des camarades de classe commencent à se moquer de lui, Madoka décide de faire profile bas à l'école.
Lorsqu'il intègre un nouvel établissement, Madoka séduit par sa jolie bouille, tout en restant sobre dans son accoutrement. Ce n'est qu'une fois le lieu scolaire quitté qu'il redevient lui-même. Seulement, il ne s'attendait pas à ce que son voisin de rue soit Itsuki, garçon de sa classe solitaire et au mauvais caractère, qui va immédiatement juger Madoka après avoir découvert son secret. Néanmoins, lorsque le garçon apprend la nature de son voisin, une compréhension mutuelle commencera à s'installer entre eux.
