Apparaissant vers la moitié du récit, Tsumugi est une hyrbide, né d'un embryon humain et de l'amnios d'un Gauna ayant pris l'apparence de Shizuka au moment de sa mort. Conçue par la société Kunato dans le plus grand secret, Tsumugi est destinée à se battre contre les gaunas. Son corps fait la taille d'une sentinelle, et elle peut être contrôlée par un pilote, bien qu'elle dispose de sa propre conscience et puisse agir seule. Malgré son apparence étrange, Tsumugi à l'esprit d'une jeune fille innocente, qui est issue de la copie des souvenirs de Shizuka. Aussi se lie-t-elle rapidement d'amitié avec Nagate, en lui rendant fréquemment visite grâce à un avatar à taille humaine, avec lequel elle se faufile dans les conduits de Sidonia. Nagate, de son côté, retrouve en elle une partie de celle qu'il aimait...
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