Frère cadet d'Edward, Alphonse a participé avec lui à une transmutation humaine pour ramener à la vie leur mère décédée. Hélas, l'opération échoua et Alphonse fut aspiré intégralement par la réaction alchimique. Au prix de son bras droit, Edward ramena son âme et l'attacha à une armure, par laquelle vit à présent Alphonse. Dans cet état, il n'a besoin ni de boire, ni de manger, ni de dormir, et reste invincible tant que le sceau de sang qui l'attache à ce corps de métal n'est pas touché.
Alphonse suit Edward dans sa quête de la pierre philosophale, pour qu'ils puissent retrouver leurs corps. D'un tempérament modéré et timide, il calme souvent les colères de son frère.