Maria-sama ga Miteru

Le lycée pour filles Lillian a pour originalité de proposer un système de "soeurs" (en français dans le texte), les étudiantes de deuxième et troisième année choisissant chacune une élève de première année en leur offrant un chapelet, symbole de leur lien fraternel. Cette école est régie par le conseil Yamayuri, mené par trois élèves de troisième année et scindé en trois divisions ; la rose rouge, la rose blanche et la rose jaune.
Yumi Fukuzawa entre en première année dans cet établissement, et est chaperonnée par Sachiko Ogasawara, candidate à l'intégration des roses rouges. La nouvelle venue se demande pourquoi elle a été choisie par cette élève aussi populaire.
C'est alors que le festival "Cendrillon" se met en place, générant des tensions dans l'école...