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.hack//LINK se déroule en 2020, trois ans après les événements de .hack//G.U. après deux ans d'interruption inexpliquée, The World entame sa troisième phase avec la sortie d'une nouvelle version portable, baptisée The World R:X. Tokio, le héros de cette nouvelle aventure, se voit transférer à l'intérieur du jeu à l'aide d'un mystérieux disque utilisé par Saika, nouvelle élève de sa classe. A peine est-il lancé que The World R:X se voit confronter à d'obscurs desseins : l'organisation Schicksal se lance à la poursuite des Chrono Core, items permettant de prendre possession des énigmatiques Akashic Records. Désireux de faire obstacle, les plus grands héros de toute l'histoire .hack se liguent sous le groupe des Twilight Knights, dirigé par le légendaire Kite.