Dans ces nouveaux opus de la série, vous pourrez vous allier avec un, deux ou trois amis en local ou en ligne pour affronter des boss titanesques et utiliser des compétences ainsi que de puissantes Âmultimes. Tandis que les précédents jeux Yo-kai Watch étaient basés sur des batailles au tour par tour, ceux-ci sont des action-RPG vous plongeant dans des combats en temps réel.
Lors de ces affrontements, vous contrôlerez directement les Yo-kai et vous élaborerez des stratégies combinant différentes compétences et pièces d’équipement pour vaincre des boss gigantesques. En acceptant les missions qui vous seront proposées, votre aventure vous permettra de rencontrer, d’affronter et de vous lier d'amitié avec plus de 400 Yo-kai (des connus et des petits nouveaux).
Chacune des deux versions du jeu contient différents Yo-kai, missions et boss. En réalisant des échanges entre les deux jeux, vous pourrez collectionner tous les Yo-kai.