Pour cette mouture 3DS sortie au Japon en 2013, le jeu a été refait en 3D pour proposer une expérience nouvelle, y compris pour ceux qui auraient déjà joué à la version originale de 2000.
Le jeu sera entièrement localisé en français.
Enfin, la fonction StreetPass permettra de partager des "Tablettes de voyageurs" afin d'explorer des donjons inédits pour affronter des monstres rares et récupérer des équipements uniques.
L'histoire : Chaque grande aventure démarre par une rencontre incroyable. Une rencontre entre un fils de pêcheur, un Prince, et une magnifique jeune femme, marquant le point de départ d’une quête à la croisée du temps. A la recherche d’une mystérieuse carte, nos 3 héros ouvriront une brèche temporelle, les emmenant sur une île énigmatique. Un mal inconnu ronge ces terres oubliées, menaçant également le monde actuel. Ils se rendent alors vite compte que la seule façon de sauver le présent, est de s’engouffrer dans ce qui constitue le passé.