Tooru Amuro parvient à empêcher un espion de s'introduire dans le système d'information de la Police Japonaise pour récupérer les données des différentes agences de sécurité du monde. Mais l'espion parvient à s'échapper et Tooru le prend en chasse. Leur course poursuite s'emballe jusque sur l'autoroute, entraînant un gigantesque carambolage, mais l'espion est tué par un agent du FBI, Shuichi Akai, qui pousse sa voiture hors de la chaussée.
Le lendemain, sans rien savoir de cette affaire, Conan et ses amis vont découvrir l'aquarium de Tokyo, fraîchement rénové. Cependant, sous l'une des attractiions, Conan découvre une femme blessée, à qui il porte secours. Se réveillant à l'hopital, la demoiselle aux yeux vairons est frappée d'amnésie, et ne dispose d'aucun élément sur elle pour connaître son identité.
Pendant ce temps, Vermouth assiste à toute la scène et contacte Gin avec son communicateur, pour lui dire que tout se déroule comme prévu..