Haruka Nanase a un contact spécial avec l'eau. Alors qu'il est sur le point de quitter l'école primaire sur une dernière épreuve de relais quatre nage, lui et ses coéquipiers (Makoto, Nagisa et Rin) découvrent quelque chose d'inattendu.
Au printemps suivant, Haruka et Makoto rentrent ensemble au collège Iwatobi et entament une nouvelle vie. Ils fondent une nouvelle équipe de relais avec deux autres élèves, Asahi Shiina et Ikuya Kirishima. Les quatre adolescents ont des points de vue différents et ont tous une expérience différente de la natation, mais vont devoir apprendre à se coordonner...
Qu'est-ce qui fait une bonne équipe ? C'est la question à laquelle Haruka va devoir trouver une réponse, dans ce nouveau défi.