L'histoire débute 300 ans après le conflit entre la Terre et Mars nommé "Calamity Wars". Une jeune femme du nom de Cordelia Aina Bernstein se rend sur Terre pour soutenir la demande d'indépendance de Chryse, une cité martienne actuellement sous contrôle du gouvernement terrestre. Dans son action diplomatique, Cordelia est escortée par Mikazuki Augus et Orga Itsuka, deux amis d'enfance devenus agents de la Chryse Guard Security (CGS).
C'est alors que Gjallarhorn, une organisation radicale de défense de la Terre, décide de s'en prendre à Cordelia et au CGS. Orga et Mikazuki décident alors de se rebeller et de lancer un véritable coup d'Etat ! Tandis qu'ils essayent de se défendre contre leurs ennemis, Mikazuki découvre une armure mobile abandonnée, datant des Calamity Wars : le Gundam Barbatos. Ce modèle a pour particularité d'évoluer en s'emparant des armes de ses adversaires...