D'après le site Moonphase (Qui est la référence au niveau information anime), le prochain projet du studio Gainax serait l'adaptation anime de Medaka Box, le manga de Akira Akatsuki et Ishin Nishio, en cours dans le Shônen Jump. La diffusion serait prévue au printemps 2012.
Kurokami Medaka, élève de première année, est élue Présidente du Conseil d'Étudiant et la première chose qu'elle fait est d'établir une boîte à idées. Depuis qu'elle a été élue comme Présidente, elle doit s'occuper seul de toutes les responsabilités du Conseil d'Étudiant. Ainsi, elle demande à son ami d'enfance, Hitoyoshi Zenkichi, de lui venir en aide, pour une durée... indéterminée.