L'action de Toward the Terra se déroule dans un futur lointain. L'humanité a dû migrer sur d'autres planètes suite à la dégradation écologique de la Terre.

A force de vouloir développer l'industrie au détriment de la nature, l'humanité a finalement réussi à rendre la Terre inhabitable. Les rares survivants créèrent alors un nouveau gouvernement du nom de Superior Domination et quittèrent leur planète natale. Pour éviter les erreurs du passé un nouveau système strict appelé "Contrôle Universel" a été mis en place. En effet, pour atteindre la société parfaite, les naissances sont régulées et chaque enfant le jour de ses 14 ans est soumis à un test de maturité. Si l'examen est réussi l'enfant devient adulte et est livré à lui même.

Vivant dans l'un de ces nouveaux mondes, Jomy Marquis Shin est un adolescent assez turbulent et faisant systématiquement le même rêve. Il y voit toujours une jeune voyante parlant à un homme à propos du futur du peuple de Mü. Le jour de son contrôle de maturité, il se rend compte que la première phase de ce dernier consiste à effacer la totalité de sa mémoire. Alors que le processus d'effacement est en cours, l'homme de ses rêves apparaît et l'aide à s'échapper. Il apprend à Jomy qu'il fait partie tout comme lui du peuple de Mü et que celui-ci est un peuple issu de l'humanité mais qui, contrairement aux humains, possède des pouvoirs psychiques. Ne rentrant pas dans les plans du "Contrôle Universel", les autorités tentent de les éliminer. Considéré comme étant « l’élu » du peuple Mü, Jomy devra lutter contre le gouvernement et verra que derrière ce système qui tente d'atteindre une utopie, se cache finalement une vérité bien sombre où les sentiments n'ont pas leur place...

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