Bien des années après les événements de la première série Mega Man, des fouilles sont effectuées et les robots retrouvés. Ces derniers retrouvent leur caractère violent obligeant le nouveau Mega Man X à tout faire pour les arrêter. Le jeu sur Super Nes reprend les mécaniques du début en instaurant des niveaux d'action plates-formes qui se terminent par des boss à combattre.

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