Pour la première fois dans l'histoire de la série, les deux titres disposent chacun d'une région propre à explorer. Mais avant d'y parvenir, il faudra explorer la région d'Unys, située à mille lieux de Kanto et de Johto, des régions bien connues des fans. Autre nouveauté de taille dans cette nouvelle région, les saisons s'écoulent au gré du temps modifiant radicalement les paysages du jeu. Ainsi, certains Pokémon apparaissent plus ou moins fréquemment en fonction de la saison, et leurs couleurs comme leur forme peuvent évoluer. De plus, les joueurs peuvent accéder à des zones particulières lorsque la saison est propice à l'exploration !

A propos des Pokémon, ils sont plus de 150 nouveaux et totalement inédits peuplant Unys, et certains d'entre eux sont exclusifs à chaque version du jeu. Deux de ces nouveaux Pokémon sont des Pokémon légendaires, baptisés Reshiram et Zekrom prenant la pause respectivement sur les packs de Pokémon Version Noire et Pokémon Version Blanche. Reshiram peut embraser tout ce qui l'entoure et, d'après la légende, déplacer l'atmosphère, tandis que Zekrom peut générer de l'électricité, voler et disparaître au beau milieu des nuages ! Reshiram ne peut être attrapé que dans Pokémon Version Noire, et Zekrom dans Pokémon Version Blanche.

Au début de l'aventure, les joueurs ont le choix entre deux nouveaux protagonistes : un jeune garçon ou une jeune fille, tous deux entraîneurs de Pokémon, et tous deux un peu plus âgés que leurs prédécesseurs. Ils se verront offrir par le Professeur Keteleeria un Pokémon parmi trois Pokémon de départ: Vipélierre de type Plante, Gruikui de type Feu, et Moustillon de type Eau. C'est ainsi que commence leur long périple dans la région d'Unys en compagnie de leurs deux amis d'enfance !

Dans Pokémon Version Noire et Pokémon Version Blanche, le joueur a pour mission de remplir un certain nombre de quêtes. La première est de compléter le Pokédex d'Unys en dénichant et en capturant l'intégralité des Pokémon du pays, une tâche exigeant un certain nombre d'échanges entre les deux versions du jeu. La seconde quête consiste à devenir le Champion de la Ligue Pokémon en combattant les Pokémon sauvages et les champions d'Unys. Les joueurs doivent alors entraîner leurs Pokémon en espérant un jour affronter le Conseil des 4 et le grand Champion d'Unys ! Vous pourrez améliorer vos compétences via le mode Rencontre Aléatoire et ainsi affronter les entraîneurs du monde entier par la Connexion Wi-Fi Nintendo.
Inédit ! Tous les joueurs des versions Or HeartGold, Argent SoulSilver, Platine, Diamant et Perle vont pouvoir récupérer dés le 1er février le Pokémon rarissime Celebi ! Celebi sera disponible uniquement en téléchargement en magasin. Et ce n'est pas tout : dès le 7 février, les détenteurs de ces versions pourront aussi attraper Raikou, Entei et Suicune, le trio légendaire version Shiny disponibles uniquement via la Connexion Wi-Fi Nintendo.

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